Melo by stacti upravit systemovou problemnou $JAVA_HOME a nastavit ji tam, kam je potreba.

Zůstala vám v systému java 6 nainstalovaná (rpm -qa | grep -i java)?
Mě po upgradu javy na verzi 1.5.0_13 přestal fungovat plugin ve firefoxu. Pomohlo mi následující:
cd /usr/lib/firefox/plugins/
ln -s /usr/lib/jvm/java-1.5.0-sun-1.5.0_update13/jre/plugin/i386/ns7/libjavaplugin_oji.so

Zkoušel jsem různé věci, nastavení proměnné JAVA_HOME, předělání PATH, ale nakonec se mi povedlo ji zprovoznit následujícím způsobem:
smazal jsem všechny špatné linky (vlastně všechny, co se týkaly javy)
odinstaloval jsem všechny druhy javy
nainstaloval jsem všechny druhy javy, symbolické linky se ani nenamáhaly vytvořit
nastavil jsem proměnnou JAVA_HOME a ještě přidal do PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
* v této fázi java aplikace chodily, kromě IDE NetBeans
odinstaloval NetBeans
nainstaloval NetBeans

Asi není zrovna nejlepší řešení, ale zatím to do odvolání funguje.

Před čtyřmi dny jsem spíš z rozmaru a potřeby elektronického bankovnictví (a bez zálohy, jak to bývá...) upgradoval javu 1.5.0 na java-1.6.0-sun-1.6.0_u6, puvodni javu smazal a bylo zle. Java Web start byl zcela mimo provoz, nepomohlo ani všemožné zpětné instalování starší verze atd. Systém hlásil chybu v /etc/alternatives... Po porovnání s desktopem jsem s hrůzou zjistil, že v /etc/alternatives jednoduše chybí většina linků na příslušné soubory v adresáři konkrétní verze javy, nebo směřují do prázdna. Tudíž jsem je pomocí krusaudera (přetáhnout/vytvořit odkaz) vytvořil znovu. Sama práce byla chvilka, zjišťování chyby a laborování dva dny (jsem laik a tenhle příspěvem mi nějak unikl.)
Každopádně předpokládám, že ke smazání linků došlo při odinstalaci té pětkové verze a nové linky se jednoduše nevytvořily a ty co zůstaly, byly často nepřesměrovány.
Laborovat s tím znovu nebudu, abych svůj předpoklad potvrdil či vyvrátil (vždy může jít i o mou chybu), každopádně mi to přijde jako velmi nestandardní chování.